【材料工程】 MedeA 3.5 新版本 Make Your Work Flow!

Materials Design發布其世界領先的材料模擬平台 MedeA Environment 的新版本。 MedeA 3.5 提供一個新的流程圖介面，以建構複雜度較高的高通量計算自動化模擬協議。除此之外，還提供了完全集成的 VASP 6.3 介面以此運用 VASP 的廣泛功能、分析以及加強基礎功能。

Marianna Yiannourakou 博士， Materials Design 產品管理總監和全球化學工程會議的定期撰稿人，評價新版本 MedeA : 很高興看到這個開發週期在一般版本中達到頂峰。 我們與工業界和學術界的合作夥伴密切合作，創建了這個版本，並瞄準了真正幫助研究人員在計算材料科學領域執行最高質量研究和開發的功能。

MedeA 3.5 除了提供 VASP 6.3.1 的訪問、增加高通量計算能力，還包含了全新的 H₂O pcff+ 模型，提供了液態水結構更加準確的結構描述(Radial Distribution Function) 以及其他性質描述，如:表面、介面張力。

Yiannourakou 博士補充: 能和非凡的客戶以及 Materials Design 團隊合力開發 MedeA 3.5 絕對是種榮耀。我們非常期待看到 MedeA 3.5 以各種不同的方法協助使用者解決材料模擬方法上的問題。事實證明，我們已經很清楚這一點，因為 Materials Design 不僅開發了 MedeA，而且還在合同研究項目中不斷地使用 MedeA。這提供我們一個很好的指標，讓我們清楚了解到這次對 MedeA 補充的價值。我們的首要目標仍是繼續開發 MedeA Environment 使他始終能提供高準確性以及可信度，並且讓使用者們能持續獲益於其建構材料模型工作流程的能力。

MedeA 3.5 新功能與改進

1. 流程表:

• 全新的流程表介面，使其較容易使用
• 能對所有流程表使用複製/貼上功能
• 增加其能取回從 VASP 介面提交的 VASP 工作流程表
• 一個新的介面階段

2. 建模與編輯器:

• 現在可在標準 MedeA 環境下使用計算自動化和信息管理的結構列表
• 結構列表能從以下流程階段直接創建:
  • VASP
  • GIBBS
  • Phonon
  • MT
  • TSS
  • LAMMPS Deposition
  • UNCLE

• 大 PDB 檔案優化:

• 優化關聯度控制
• 添加了編寫具有 hybrid36 擴展名的大型 PDB 文件的功能（適用於包含 100,000 個或更多原子的系統）

• 增加讀取 OpenBabel 產出的 mmCIF 檔案功能

3. 計算引擎

• VASP
  • 完整的 VASP 6.3.1
  • 動態機器學習力場(MLFF)
    • 使用機器學習加速從頭算分子動力學模擬，大幅增加可訪問的模擬時間
    • 隨著模擬的進行，使用從頭算分子動力學軌跡作為訓練集創建機器學習力場
    • 藉由其他系統的分子動力學模擬繼續優化機器學習力場
    • 提供機器學習力場，無須進行額外的第一原理模擬
  • 針對VASP 5.4 以及 VASP 6 非共線計算優化
  • 優化解析大 OUTCARD 檔案
  • 增加 MetaGGAs (rSCAN, r2SCAN)
  • 結構列表 (ListOfResults.sli) 具有最終結構並包括計算屬性，適用於力場擬合，現在可以自動創建，進一步提高效率、分析和後處理選項
  
  
• LAMMPS
  • 更新至 7Jan22 版本
  • 增加新套件:
    • PYTHON: Linux， Winodws， CPU， GPU 版本
    • SPIN: Linux， Winodws， CPU， GPU 版本
  • 優化 GPU 支援:
    • 在 Linux 以及 Windows 上支援 Nvidia 計算能力為 3.5-8.6 的顯卡
    • 在使用長距庫倫勢能計算上優化大約 40% 計算表現
    • 使用新的 剛性 pcff+ H₂O 模型(現為預設)，在水環境下提供卓越的 RDF 以及表面張力

4. 力場

• PCFF+：優化水模型

5. 性質模組

• 聲子：創建結構列表(DisplacedStructures.sli)，可使用於力場耦合
• MT：創建結構列表(StrainedStructures.sli)，可使用於力場耦合
• TSS：創建結構列表(EnergyProfileStructures.sli)，可使用於力場耦合

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