【材料設計】MedeA 3.7.0 新功能更新 發佈日期 2023-05-05
新釋出的 MedeA 3.7.0版本中，新增了基於分子動力學軌跡的振動分析功能！
與此同時，MedeA為了提供使用者更完整的使用體驗，除了更新VASP執行文件(6.4.1)來提供更全面的計算支援、提高了機器學習模擬的廣泛應用性外，
還針對整個系統環境的使用上做了近一步的改進善。
MedeA 3.7.0 新功能與改進
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建模與編輯器:
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子集:
- 透過”extend selection”選項來選擇完整的分子的附加功能
- 加強原子數多的目標表現
- 改善子集的著色功能
- 增強拆分子集的能力
- 改進子集描述介面
- 在附加功能中新增添加元素的選項
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熱固性聚合物:
- 加強控制轉換範圍的功能
- 改善以xyz格式導入結構的功能
- 更新 Gnuplot (5.4.6)
- 新增定義選擇中重疊原子的刪除功能
- 增強在超晶胞中處理中尺度模型的能力
- 調整建模界面
- 新增三種流行的原子配色方案
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計算引擎:
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VASP:
- 完整的VASP 6.4.1
- 輸出特定的NMR化學位移站點資料
- 增加化學位移數據和磁化率至工作區
- 改進對EFG, Hyperfine參數,及Born有效電荷的輸出
- 升級後的POSCAR檔案將包含元素和對應的原子位點
- 為輕鬆評估大型系統中的收斂性，回報結構列表和軌跡狀態
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改善MLFF:
- 在軌跡中使用MLFF-based力場
- 創建一個單獨的MLFF_TrainingSet.sli結構列表，其中包含從頭計算的結構/數據 (e.g. 進一步用在機器學習應用程序跟力場的擬合)
- 增加貝葉斯誤差和 RMSE 分析圖
- 通過軌跡文件頻率減少 MLFF OUTCAR 數據量，以實現快速後處理和軌跡創建
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LAMMPS:
- 2Jun2022版本 (新)
- 自動選擇支援的GPU運行文件
- 在NVT/NPT 階段的控制溫度列表中添加 Nose-Hoover-Andersen
- 加強在壓力下最小化階段的表現
- 增強在不飽和碳氫化合物中碳原子的聯合原子氫還原作用
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GIBBS:
- 對於GIBBS的軌跡和生成的結構列表進行數項更新/加強
- 加強不當扭力的輸入
- 擴展用於處理和報告 GIBBS 中 1-2/1-3/1-4 的交互作用
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MOPAC:
- 加強在熱力學階段計算單個溫度的熱力學屬性
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力場:
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MLPs & MLPG:
- 在Lammps (CPU, GPU)中支援ACE MLPs (新)
- 用戶可控制超參數收斂的容許偏差
- 檢查和記錄 VASP 計算的狀態
- 加強數據處理
- 擴展平面力場
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PCFF+:
- 介紹無機硫酸根陰離子的原子類型
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性質模組:
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P3C:
- 與 Jozef Bicerano 博士協商，改善剛性五元環的辨識和貢獻
- 更新了 Molecular Builder 中的 P3C 選項，可用於包含超過 100 個原子的重複單元，允許按需求應用 P3C 計算
- 增強了對具有共同頭尾原子的重複單元的處理
- 加強對基於矽烷的重複單元的處理
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電子特性:
- 載流子遷移率的計算和圖形表示（新）
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聲子-MD (新):
- 分子動力學速度自相關函數的振動態密度及其部分貢獻
- 自動創建圖表以利結果分析
- 振動熱力學性質，像是內能、熵、亥姆霍茲自由能和熱容
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引文/參考:
- 在“Help”選單中提供的新鏈接指向 MedeA 手冊中的“如何引用”部分
- 可下載的MedeA和MedeA工具/模組的ris/bibtex参考资料
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作業服務器 & 任務服務器:
- 加強從作業服務器中下載結構的功能(結構名稱中包含空格)
- 若在無GPU的機器上選擇使用GPU計算，會顯示警告訊息
- 新增自動創建和下載壓縮文件的功能
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